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ゲノム編集

2017-5-31 16:00:00

ノックイン実験うまくいってますか?ノックイン位置決定&ドナー配列設計はEdit-R HDR Donor Designerで!(その2)

こんにちは、GEヘルスケア・ジャパン大島です。
4月になり、すっかり春を感じる暖かい日が多くなってきました。今年もパソコンで疲れた目を桜に癒してもらいました。と同時に、花粉症に悩まされる時期でもあります。この時期は憂鬱になる方も多いのではないでしょうか。

最近は色々な薬が出ており、自分もそれに頼らせていただいております。成分もいろいろあり、悩むところですが、自分にはメキタジンという成分がよく効くらしく、ずいぶん前から使っております。

さて、先月から2回にわたりCRISPR-Cas9システムを用いたゲノム編集でのノックイン、特に相同組換え修復(homology-directed repair:HDR)経路によるノックインに関して、Dharmaconがオススメするドナーテンプレート設計用のWebツールEdit-R HDR Donor Designerとワークフローをご紹介しております。※前回の記事はこちらからご覧いただけます

HDRによるノックインは、目的によって以下の2手法に大別されます。

手法 目的
①ssDNAドナーオリゴでノックイン 数塩基の挿入・欠失・置換
②ドナープラスミドでノックイン 蛍光タンパク質マーカーなど長い配列の挿入

今回は、「②ドナープラスミドでノックイン」について、新製品のEdit-R HDR Plasmid Donor Kit- mKate2を利用したmKate2蛍光レポーター遺伝子導入用ドナープラスミド構築に使用するプライマー設計までのワークフローをご紹介いたします。

ワークフローは3ステップからなります。

ステップ1

デザイン済みgRNAから選択、もしくはCRISPR RNA Configurator(Webツール)でカスタマイズ設計します。

ステップ2

Edit-R HDR Donor Designer – plasmidにステップ1で決定したgRNAを入力し、

mKate2をノックインしたい場所に、カーソル(mKate2赤ボックス)を移動したら「Generate primers」をクリックします。

ステップ3

ステップ2で設計したmKate2挿入位置を反映した5’ homology arm primer pairsおよび3’ homology arm primer pairsの候補が表示されます。 必要なものにチェックを入れ、Nameを任意に入力して完成!Add to Cartで注文してください。

「これからドナープラスミドでのノックイン実験を始める」
「ドナーテンプレートの設計で困っている・・・」
という方は、是非『Edit-R HDR Donor Designer』をお試しください。

CRISPR-Cas9システムを用いたHDRによるノックインのやり方やコツをもう少し詳しく学びたいという方のために、『オンデマンドウェビナー』と『アプリケーションノート』をご用意しておりますので、こちらもぜひご活用ください。

 

ここからは前々回より好評につきシリーズ化しました【今月の超・高解像度画像紹介】をお届けします。Dharmaconの遺伝子発現調節技術によって作成した細胞の解析手法の一つとして、顕微鏡での画像解析はいかがでしょうか。

今月の超・高解像度画像紹介
これは高解像度顕微鏡DeltaVision Eliteで撮影したマウス海馬神経細胞(3D回転動画)です。最終分裂を終えたマウスの海馬神経細胞が、発生中の海馬組織のなかを移動して行く画像です。放射状グリア線維の分布も撮影しています。
「画像の取得が迅速で、3D画像を取得する際に感じるストレスは随分軽減される印象です。」というお声をいただいています。
ご協力:慶應義塾大学医学部解剖学(仲嶋研究室)久保健一郎様、北澤 彩子様
詳しくは『こちら»』から

また、DeltaVisionシリーズに関することや、【超解像度&高解像度】細胞の世界についてもお気軽にお問合せください。

「困った・・・」を抱えたお客様や、「ゲノム編集技術で新しい実験に取り組みたい」というお客様のところへ伺って、一緒に解決方法を探していくことも我々Dharmacon担当者の重要なミッションです。一人で悩まずDharmaconまでご相談ください!

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不定期ではございますが、役に立つ情報をお伝えさせていただきます。
今後ともDharmaconをよろしくおねがいいたします!



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この記事の筆者

大島

大島 英之
GEヘルスケア・ジャパンにてDharmaconの担当をしております大島と申します。
私の今年の目標は、「siRNA、ゲノム編集と言えばGEの大島へ!」のスローガンを皆さまに覚えていただくことといたしました。 今年も、さらにパワーアップして皆様のお役に立ちたいと思っております!

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