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Location:ホーム実験手法別製品・技術情報タンパク質サンプル調製・前処理

略号と用語、記号解説

このハンドブックで使用する略号

A280 UV absorbance at specifi ed wavelength, in this example, 280 nanometers
AAA amino acid analysis
Ab antibody
AC affi nity chromatography
ACES N-(2-Acetamido)-2-aminoethanesulfonic acid (biological buffer)
ADA N-(2-Acetamido)iminodiacetic acid (biological buffer)
AEBSF aminoethyl benzylsulfonyl fluoride (serine protease inhibitor)
AIEX anion exchange chromatography
AP alkaline phosphatase
APMSF 4-aminophenyl-methylsulfonyl fluoride (serine protease inhibitor)
ASB amidosulfobetaine
BCA bicinchoninic acid
BES N,N-Bis(2-hydroxyethyl)-2-aminoethanesulfonic acid
BME β-mercaptoethanol
BSA bovine serum albumin
CAPS N-cyclohexyl-3-aminopropanesulfonic acid (biological buffer)
CAPSO 3-(Cyclohexylamino)-2-hydroxy-1-propanesulfonic acid (biological buffer)
CHAPS 3-[(3-cholamidopropyl)dimethylammonio]-1-propanesulfonate
CHAPSO 3-[(3-cholamidopropyl)dimethylammonio]-2-hydroxy-1-propanesulfonate
CHES N-Cyclohexyl-2-aminoethanesulfonic acid (biological buffer)
CHO Chinese hamster ovary
CIP cleaning-in-place
CMC critical micellar concentration
CSF cerebrospinal fluid
CTAB cetyl trimethylammonium bromide (surfactant)
Da Dalton
DDM n-dodecyl-β-D-maltoside (detergent)
DIGE differential gel electrophoresis (sometimes referred to as 2-D DIGE)
DMP dimethyl pimelimidate dihydrochloride
DNase deoxyribonuclease
DTE dithioerythritol, also 1,4 dithioerythritol (reducing agent)
DTT dithiothreitol, also 1,4 dithiothreitol (reducing agent, Cleland's reagent)
E. coli Escherichia coli
ECL enhanced chemiluminescence
EDTA ethylenediaminetetraacetic acid (chelating agent)
EGTA ethylene glycol tetraacetic acid (chelating agent)
ELISA enzyme-linked immunosorbent assay
EPPS 3-[4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazinyl] propanesulfonic acid (biological buffer)
ESI electrospray ionization
ESI-MS electrospray ionization-mass spectrometry
FA formic acid
FAK focal adhesion kinase
GABA gamma-aminobutyric acid (biological buffer)
GF gel filtration (sometimes referred to as SEC; size exclusion chromatography)
GST glutathione S-transferase
HEPES (4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid (biological buffer)
HIC hydrophobic interaction chromatography
HMW high molecular weight
HP high performance
HPLC high performance liquid chromatography
HRP horseradish peroxidase
IAA iodoacetamide
IEF isoelectric focusing; usually the first dimension in 2-D electrophoresis
IEX ion exchange chromatography (also seen as IEC in the literature)
IMAC immobilized metal ion affi nity chromatography
IPG immobilized pH gradient
IUBMB International Union of Biochemistry and Molecular Biology
LC liquid chromatography
LC-MS liquid chromatography-mass spectrometry
LDAO lauryldimethylamine oxide (detergent)
LMW low molecular weight
LPS lipopolysaccharides
mAb monoclonal antibody
MALDI matrix-assisted laser desorption ionization
MALDI-MS matrix-assisted laser desorption ionization-mass spectrometry
MALDI-ToF matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight
MBP maltose binding protein
MES 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid (biological buffer)
MOAC metal oxide affi nity chromatography
MOPS 3-(N-morpholino)propanesulfonic acid (biological buffer)
MPa megaPascal
Mr relative molecular weight
MS mass spectrometry
MS/MS tandem MS
MW molecular weight
MWCO molecular weight cutoff
NP-40 nonyl phenoxypolyethoxylethanol
PBS phosphate-buffered saline (biological buffer)
PEG polyethylene glycol
PES polyethersulfone
pI isoelectric point, the pH at which a protein has zero net surface charge
PIPES Piperazine-1,4-bis(2-ethanesulfonic acid) (biological buffer)
pKa acid dissociation constant
PKA protein kinase A
PKC protein kinase C
PMF peptide mass fingerprinting
PMSF phenylmethylsulfonyl fluoride (serine protease inhibitor)
PTM post-translational modification; plural is PTMs
PTP phosphotyrosyl phasphatase
PTRF polymerase I-transcript release factor
pTyr phosphorylated tyrosine residue in proteins
PVDF polyvinylidene fluoride
RC regenerated cellulose
RIA radioimmunoassay
RIPA radioimmunoprecipitation assay
RNase ribonuclease
RPC reversed phase chromatography
RSD relative standard deviation
SDS sodium dodecyl sulfate (detergent)
SDS-PAGE sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis
SEC size exclusion chromatography (same as gel filtration, GF)
SNAG1 sorting nexin associated Golgi protein-1
SNP single nucleotide polymorphism
SPE solid-phase extraction
SRM selected reaction monitoring
TAPS N-Tris(hydroxymethyl)methyl-3-aminopropanesulfonic acid (biological buffer)
TBS tris-buffered saline (biological buffer)
TCA trichloroacetic acid
TCEP tris(2-carboxyethyl)phosphine hydrochloride (reducing agent)
TES N-Tris(hydroxymethyl)methyl-2-aminoethanesulfonic acid (biological buffer)
TFA trifl uoroacetic acid
TLCK tosyl-L-lysine chloromethyl ketone (serine protease inhibitor)
ToF time-of-fl ight
TPCK tosyl-L-phenylalanine chloromethyl ketone (serine protease inhibitor)
u unit (unit for activity of an enzyme)
UF ultrafi ltration
UV ultraviolet light
VEGF vascular endothelial growth factor
Vis visible light

タンパク質サンプル調製用語

存在量所定のサンプル供給源に含まれる特定のタンパク質の濃度またはコピー数。ほとんどの場合、高存在量や低存在量といった相対的な用語として使用される。
アフィニティークロマトグラフィー(AC)クロマトグラフィー担体に固定された特異的なリガンドとタンパク質との可逆的な相互作用によってタンパク質を分離する手法。
アフィニティー濃縮ACを用いた目的タンパク質の濃縮。
バッファー交換と脱塩バッファー系(pHを含む)の操作およびサンプル溶液中から塩や荷電性の低分子物質を除去する操作。
清澄化後続ステップでフィルター/カラムの詰まりが生じるなどの問題を避けるために、サンプルから微粒子状物質(細胞片、凝集したタンパク質など)を除去すること。

複雑度所定のサンプルに含まれるタンパク質種とアイソフォームの数。アイソフォームには選択的スプライシング変異体由来のもの、PTM由来のものなどがある。複雑度が高いサンプルには、所定の分析手法の分離能を超える多数のタンパク質とアイソフォームが含まれていることがある。
コンセントレーション/容積低減希釈されたサンプルや大量のサンプルの容積と総タンパク質濃度を調節し、ワークフローの次のステップで必要な容積や濃度に合わせること。
夾雑物目的タンパク質の分析に干渉する化合物分子または生体分子。特定の夾雑物に対する許容性は分析手法によって異なる。
膜分離精製繰り返し希釈した後に限外ろ過(UF)で容積を低減させ、バッファー組成と小さい夾雑物の濃度を変えること。
ダイナミックレンジ(タンパク質の、アッセイの)可変量の最大値と最小値との比。タンパク質分析では、検出下限のタンパク質量から検出器または分析系が飽和するタンパク質量までの範囲を指すことがある。線形ダイナミックレンジは、ある分析シグナルが分析物濃度と線形関係にある範囲を指す。
濃縮存在量が少ない目的タンパク質の相対量を選択的に上昇させること。通常はACを使用。
分画可溶化した初期段階のタンパク質集団をタンパク質の物理的/化学的特性(サイズ、電荷分布、等電点[pI]、疎水性、溶解性など)の差に基づいて複数のサブサンプル/画分に分割するために使用する手順。
ゲルろ過(GF)サイズ排除クロマトグラフィー。大きさの違いによって分子を分離する手法。
疎水性相互作用クロマトグラフィー(HIC)タンパク質表面に露出されている電荷の特性に従って生体分子を分離する手法。
イオン交換クロマトグラフィー(IEX)溶質(タンパク質など)とクロマトグラフィー担体との静電相互作用に基づく手法。
精密ろ過多孔質メンブレン(0.1~1.0 μm)を使用して特定の物質をタンパク質溶液から除去する手法。通常、シリンジまたは真空マニフォールドを用いて溶液に圧をかける。
平行処理同時に処理するサンプルに言及するときにしばしば使用される用語。
リンペプチド単一または複数のリン酸基を含むペプチドで、多くの場合、リン酸化によって得られる。サンプルは、酵素消化によりペプチド断片化してから下流の分析に供されることが多い。
タンパク質除去高存在量タンパク質を除去すること。
タンパク質サンプル調製ワークフローの主要目的がある種のタンパク質分析である場合、分析前のすべての操作がサンプル調製とみなされる。
プロテオーム規定の条件下で所定の細胞または生物に発現する全タンパク質の集合体。
プロテオミクスタンパク質の相互作用、発現および機能性を網羅的に解析する研究分野。
逆相クロマトグラフィー(RPC)クロマトグラフィー担体に結合したリガンドと溶媒(サンプルの成分)との疎水性相互作用に基づく手法。溶出剤中の有機溶媒(アセトニトリルなど)により溶出を行う。
サンプルクリーンアップ界面活性剤、脂質、多糖、核酸、フェノールなどの夾雑物をタンパク質溶液から除去するために使用する一連の手法。
サンプル状態所定の単位操作を実施した後のサンプルの組成。
サンプルスループット処理するサンプルの数。同時に処理するサンプルの数(パラレル処理)にも、規定の時間内(24時間など)に処理するサンプルの数にも使用できる。
限外ろ過(UF)UFでは、精密ろ過より孔径が小さく厳密に規定されたメンブレンを使用し、メンブレン上の液に圧をかける。孔よりも大きい分子はメンブレン上に残り(残余分)、孔よりも小さい溶媒はメンブレンを通過する(ろ液)。ほとんどの場合、孔径は分子量カットオフ(MWCO)値として規定される。
操作サンプルに対し実施する処理。例えば、バッファー交換/脱塩、アフィニティー濃縮など。
操作カテゴリー単位操作を大別したグループのことで、操作の目的(例えば、目的タンパク質の検出性改善)を示す。
ウエスタンブロッティングポリアクリルアミドゲル電気泳動(SDS-PAGE)により分子量に従ってタンパク質を分離した後、タンパク質をメンブレン上に転写し、抗原抗体反応等を利用して目的タンパク質を検出する分析手法。免疫ブロッティングともいう。
ワークフローサンプル供給源を起点としてタンパク質分析を終点とする一連のステップを連結させたもの。

記号

この記号は、手順を改善するための一般的アドバイスであるか、特定の状況下で推奨される対策であることを示します。
この記号がついているアドバイスには必ず従ってください。特に注意すべき状況で警告として示します。

 

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