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SMARTpoolとCherry-pickライブラリーの組合せは 標的遺伝子スクリーニングのファーストチョイスにおすすめ
Dharmacon siRNAお客様の声

国政 和宏様

国政 和宏 様
公益財団法人 がん研究会 がん化学療法センター ゲノム研究部

新たながん分子標的の探索・同定を目指し、siRNAを用いて実験されているがん研の国政和宏様に、スクリーニング実験の際にご使用されているsiRNAライブラリーについてお伺いしました。


SMARTpoolなら1遺伝子1本で実験が済みます

我々の研究室では、がん微小環境におけるがん細胞の適応応答に着目し、新規制御分子の探索・同定から、がん微小環境選択的な治療法の開発に向け、研究に取り組んでいます。その中で、siRNA実験は、標的候補分子のタンパク質量をおさえた時に、がん細胞の微小環境ストレスにたいする適応応答がどのように変化するかなどを評価するために行っています。


以前は、1遺伝子に対して配列の異なる複数のsiRNAが"別々に"提供される他社のsiRNAを使用していましたが、数種類から最大40種類ぐらいのがん細胞を用いて標的の評価を行う際には、配列種類分の作業量が発生しますので、とても労力がかかっていました。
また、配列によって異なる結果が出た場合はどちらを信じて良いのか判別が難しくなり、その検証に更なる労力が必要となってしまい、円滑なスクリーニングの妨げになっておりました。


そこで現在は、siRNAスクリーニングに、1つの遺伝子に対して配列デザインの異なる4種類のsiRNAが"1本のチューブ"に入って提供されるDharmaconのON-TARGETplus SMARTpool siRNAを使用するようにしています。SMARTpool siRNAを導入後は、1遺伝子に対して1配列分の作業で済むので、作業の大幅な効率化が図れました。また、確実にノックダウンできるように設計されているので、結果の判断もスムーズに行えています。さらに、このようなsiRNAスクリーニングにより得られた結果の一部を他社のsiRNAを用いて検証することで、結果の妥当性を確認するという流れで研究を進めております。


Cherry-pickライブラリーは遺伝子が自由に選べて配置も自由。最低発注数も20種から

DharmaconのCherry-pickライブラリーでは自由に遺伝子が選べて、96ウェルまたは384ウェルプレートの好きな位置にsiRNAを配置できます。量も遺伝子ごとに自由に変えることができます。さらに0.1~2 nmolの小容量から購入できて、価格も1遺伝子あたり数万円程度からと、とてもリーズナブルです。


スクリーニングの際には関連遺伝子や関連パスウェイなどであっという間に20種類ぐらいになりますので、最低発注数が20種類以上というのも、多すぎるということはないと思います。スクリーニングにはとても使いやすいフォーマットだと思っています。


Web上で遺伝子を選択して、フォーマットを選ぶと、見積もりもすぐに表示され、そのまま注文もできるので使い勝手もよいです。

 

国政様、お忙しい中貴重なお時間とご意見をありがとうございました。

※お客様の使用経験に基づく記載です。


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