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siRNA実験で、オフターゲット効果がほとんどなくなり、フェノタイプもはっきり出るように
Dharmacon ON-TARGETplus siRNA お客様の声

荻原 秀明様

国立がん研究センター 分子診断・個別化医療開発グループ ゲノム生物学研究分野
荻原 秀明 様

siRNA実験においてオフターゲット効果と考えられる細胞死が起こり、それ以上実験が進められず、ご苦労されていた荻原先生にどう乗り越えて結果を出されたのか、お伺いしました。


オフターゲット効果をおさえたい

私たちの研究室では、肺がんの中でも悪性度が高い肺小細胞がんや悪性リンパ腫などさまざまながんで、遺伝子同士相互に補い合い機能し、両方の遺伝子が機能しなくなるとがん細胞が死滅する「合成致死」の関係にある遺伝子を探索しています。

中でも変異頻度の高い遺伝子に着目し、人工的にノックダウンしてそのフェノタイプを解析するため、数種類のがん細胞に対してsiRNAを用いた遺伝子ノックダウン実験を行っていました。すると、ある条件では細胞死がおこり、フェノタイプの解析ができないことがありました。解決するためにいくつかのメーカーのsiRNAを検討し、トランスフェクション試薬を変え、条件を最適化しましたが、状況が変わらないことからsiRNA自体のオフターゲット効果の可能性を考えました。

そんな時に目に留まったのが、特殊な修飾(※)によりオフターゲット効果を抑えるDharmaconのON-TARGETplus siRNAでした。
ON-TARGETplus修飾は、センス鎖とアンチセンス鎖の両鎖に対する独自の化学修飾です。オフターゲット効果を抑えるとともに、ターゲット遺伝子に対する特異性を高めます。


使ってみたところ、細胞死が起こらなくなり、フェノタイプもはっきり出るようでした。それ以来、ON-TARGETplus siRNAを使い続けています。

 

荻原先生、お忙しい中貴重なお時間とご意見をありがとうございました。

※お客さまの使用経験に基づく記載です。


参考文献

  1. Ogiwara,Hideaki. & Sasaki,Mariko. & Mitachi,Takafumi. & Oike,Takahiro. & Saito,Higuchi. & Tominaga,Yuichi. & Kohno,Takashi. et al. Targeting p300 addiction in CBP-deficient cancers causes synthetic lethality via apoptotic cell death due to abrogation of MYC expression. CANCER DISCOVERY: 2016 Apr;6(4):430-45. doi: 10.1158/2159-8290.CD-15-0754. Epub 2015 Nov 24.

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