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RNAi

2016-02-02 09:00:00

siRNAのオフターゲット効果をおさえる方法をご紹介!

Accell siRNA

皆さま、こんにちは。GEヘルスケア・ジャパンDharmacon製品担当の大島です。

本日はsiRNAについてご相談いただく内容のうち「siRNAの配列によって異なる結果が出て、どちらを信じてよいのか分からない」というお悩みを解決する方法をご紹介します。

siRNA実験では、標的とは無関係な遺伝子の発現を抑制してしまうオフターゲット効果を常に意識する必要があります。このオフターゲット効果によって、「siRNAの配列によって異なる結果が出る」ことがあります。

オフターゲット効果をおさえるには配列デザインをユニークな配列にする、使用するsiRNA量を減らすなど対策がありますが、実はそもそもオフターゲット効果が少ないsiRNAもございます。
それが、DharmaconのON-TARGETplus siRNAです。センス鎖、アンチセンス鎖両方に異なる修飾を施し、オフターゲット効果を抑えてターゲット遺伝子に対する特異性を向上させたsiGENOME siRNAのアップグレード版です。

では、オフターゲット効果をおさえることで、どれだけの影響がでるかHarvard Medical SchoolのJoan Brugge博士の実験例を見てみましょう。

乳がん細胞株を用いてARPC1Bの抑制による細胞遊走への影響をUnmodified siRNAとON-TARGETplus siRNAで比較したものです。
ARPC1B mRNAに対する4つの配列を設計したUnmodified siRNAおよびON-TARGETplus siRNAを導入した細胞をスクラッチし、細胞遊走によるスクラッチ部分の面積が小さくなる様子を評価しました。

UnmodifiedでもON-TARGETplusでも、ARPC1B mRNAレベルは4配列全て抑制されました。
しかし、未修飾のsiRNAを使用した場合、siRNAによっては他のsiRNAを投与した場合とは異なる表現型が観察されました(#1、3)。

その原因はオフターゲット効果と推察されます。一方、ON-TARGETplus siRNAを投与した場合は、4種類のsiRNAすべてにおいて同様の表現型が観察されました。
これは、ON-TARGETplus siRNAのオフターゲット効果が低減されているためと考えられます。

このようにON-TARGETplus siRNAには、オフターゲット効果を抑制するためさまざまな工夫が凝らされています。

【Dharmacon製品に関する問合せはこちら】




この記事の筆者

大島

大島 英之
GEヘルスケア・ジャパンにてDharmaconの担当をしております大島と申します。
私の今年の目標は、「siRNA、ゲノム編集と言えばGEの大島へ!」のスローガンを皆さまに覚えていただくことといたしました。 今年も、さらにパワーアップして皆様のお役に立ちたいと思っております!

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