GEヘルスケア・ジャパン株式会社 ライフサイエンス統括本部 トップページに戻る

BLOG 実験を成功に導く小ネタと事例を紹介するブログ

ゲノム編集

2016-12-14 11:10:00

HDRによるノックインを検討中の方にお勧め!ノックイン効率最大25%のアプリノート&HDR Donor Designerオンラインツールを紹介

こんにちは、GEヘルスケア・ジャパン大島です。
さて、お客様先にお伺いすると、お話のテーマはやはりゲノム編集、それも、ノックインに関連する御質問が多くなってきている感じが致します。ご存じのとおり、CRISPR-Cas9によるゲノム編集では、ノックアウトだけでなく、特定の場所にFLAGなどのエピトープタグやSNPs、ストップコドンあるいはアミノ酸置換たのめの特定配列の組み込みも盛んにおこなわれています。

「ノックイン効率が低くて、何10クローンも拾ったのに、目的の細胞がとれなかった・・・」
という経験はありませんか?

特定配列がノックインされた目的の細胞を得るまでに、ゲノム編集効率、DNAドナーオリゴの濃度やホモロジーアームの長さなど、様々な条件が絡み合います。

そこでDharmaconの研究チームでは一つの目安とするために、U2OS細胞を用いて最大25%のノックイン効率を得るための実験条件をアプリケーションノートとして作成しました。
※細胞(株)によってゲノム編集やノックイン効率は変わりますので、ご使用になる細胞(株)で最適な条件検討が必要です。

本アプリノートでは、異なるCas9発現条件によるVCP geneおよびEMX1 geneのゲノム編集および特定配列のノックインの効率とともに、ノックインのためのHDRドナーオリゴ濃度や、ホモロジーアームの長さによるHDR効率も評価しています。

HDR Oligo concentration HDR Homology arm length

詳しくは、アプリケーションノートをご覧ください。(PDFアイコンからダウンロードいただけます)

Dharmaconでは、HDRによるノックイン実験に必要なDNAドナーオリゴを設計するオンラインツール、Edit-R HDR Donor Designer*を公開しています。ノックインしたい場所に、挿入したい配列を入力するだけで、ssDNAドナーオリゴの設計ができます。容量は0.05 nmol~、HPLC精製品もご提供しています。
*ご利用にはDharmaconユーザー登録が必要です

Edit-R HDR Donor Designer

「困った・・・」を抱えたお客様や、「ゲノム編集技術で新しい実験に取り組みたい」というお客様のところへ伺って、一緒に解決方法を探していくことも我々Dharmacon担当者の重要なミッションです。一人で悩まずDharmaconまでご相談ください!

不定期ではございますが、役に立つ情報をお伝えさせていただきます。
今後ともDharmaconをよろしくおねがいいたします!



【Dharmacon製品に関する問合せはこちら】




この記事の筆者

大島

大島 英之
GEヘルスケア・ジャパンにてDharmaconの担当をしております大島と申します。
私の今年の目標は、「siRNA、ゲノム編集と言えばGEの大島へ!」のスローガンを皆さまに覚えていただくことといたしました。 今年も、さらにパワーアップして皆様のお役に立ちたいと思っております!

≪ BLOGインデックスへ戻る